Khoa Nông Lâm tại Trường Đại học Đà Lạt được thành lập trên cơ sở Ban Kinh tế Nông Lâm và Ban Nông học, theo Quyết định số 3585/QĐ-BGD&ĐT-TCCB của Bộ trưởng Bộ Giáo Dục và Đào Tạo ngày 07/07/2003. 

Khoa Quản trị Kinh doanh vốn hình thành từ lâu đời tại Trường Đại học Đà Lạt. Đến năm 2001, Trường Đại học Đà Lạt thành lập nên Ban Kinh tế Nông Lâm nhằm đáp ứng nhu cầu nhân lực hoạt động kinh tế trong lĩnh vực Nông nghiệp đồng thời tận dụng ưu thế về nhân sự từ Khoa Quản trị Kinh doanh. Khoá đào tạo ngành Kinh tế Nông Lâm đầu tiên là Khoá 24, tuyển sinh năm 2000. Những năm sau đó, sự thành công trong hoạt động đào tạo của Ban Kinh tế Nông Lâm đã đưa Trường Đại học Đà Lạt đến quyết định mở rộng quy mô đào tạo sang lĩnh vực kỹ thuật chuyên về Nông Nghiệp, từ đó dẫn đến sự ra đời của Khoa Nông Lâm vào năm 2003.

Khi mới được thành lập, Khoa Nông Lâm chỉ có 6 nhân sự chủ chốt với hai Bộ môn Kinh tế Nông Lâm và Nông học. Cũng trong năm 2003, Khoa tuyển sinh khoá Nông học đầu tiên, tương ứng Khoá 27 của Trường. Đến năm 2005, Khoa Nông Lâm tiếp tục mở rộng quy mô đào tạo với việc thành lập Bộ môn Công nghệ sau thu hoạch và tuyển sinh khoá đào tạo Cao đẳng Công nghệ sau thu hoạch đầu tiên. Hai năm sau, Khoa Nông Lâm nâng cao trình độ đào tạo ngành Công nghệ sau thu hoạch lên Đại học với việc tuyển sinh khoá đầu tiên, tương ứng Khoá 31 của Trường. Lực lượng nhân sự của Khoa cũng dần dần được phát triển cả về số lượng lẫn chất lượng phục vụ việc đào tạo 3 ngành học với 2 hệ đào tạo. Đến năm 2009 do thiếu hụt nguồn tuyển Khoa ngừng đào tạo ngành Kinh tế Nông Lâm, trong khi vẫn duy trì hai ngành Nông học và Công nghệ sau thu hoạch. Đến năm 2017, Khoa ngừng tuyển sinh hệ Cao đẳng ngành Công nghệ sau thu hoạch. Từ đó đến nay, Khoa tập trung nguồn lực đào tạo hai ngành Nông học và Công nghệ sau thu hoạch ở trình độ đại học.